Раздача научного софта. бесплатно

      Комментарии к записи Раздача научного софта. бесплатно отключены

Раздача научного софта. бесплатно

Источник: http://habrahabr.ru/post/223873/

Так уж оказалось, что перед тем, как стать физиком, я желал быть программистом. Не сложилось, но тяга писать программки не прошла. Как следствие — за 15 лет работы в науке, было написано приличное количество разнообразного прикладного софта. Само собой разумеется, большинство была совсем одноразовой, и мотивацией для ее написания была фраза из мультика — «лучше сутки утратить, позже за пять мин. долететь».

Но кое-какие вещи были долгоиграющими, пошли «в народ», кое-что кроме того продается. Для продажи этого «кое-чего» кроме того был создан сайт, ориентированный на «заграницу», но это было сделано больше для опыта, а не с целью получить какие-то настоящие деньги, тем более что софт в основном весьма своеобразный, и спрос на него не велик. Но хватит о коммерции.

Я бы желал совсем бесплатно поделиться частью собственных наработок (тем, что не весьма стыдно продемонстрировать), в надежде, что они могут быть нужными для молодых (и не весьма) ученых, студентов и аспирантов, и кто-то сможет применять их в собственной работе. Вашему вниманию предлагается следующее (в порядке возрастания специфичности):

  • SciRef — менеджер цитирований.
  • AFM Vision — эргономичная визуализация данных атомно-силовой микроскопии.
  • Raman 2D — построение карты распределения интенсивности Рамановского излучения.
  • X-Ray Calc — симуляция рентгеновской дифракции узких пленок.

Подробное описание возможностей, скриншоты (большое количество) и ссылки — под катом.

Менеджер цитирований SciRef

Это, пожалуй, наименее своеобразный софт из вышеупомянутого, что может употребляться не только физиками, но и экспертами из вторых областей (биология, химия и т.д.). Желание сделать собственный велосипед показалось как следствие неудовлетворенности имевшимися в то время бесплатными и не весьма приложениями — Zotero, Mendeley, EndNote — десятки их. Но в одних случаях останавливала цена, в других — недочёты интерфейса, в третьих — недочёт либо, напротив, избыток функций.

В то время у меня уже был трехлетний опыт разработки MyHomeLib, исходя из этого было решено написать таковой менеджер, что бы максимально устраивал меня по функционалу и идеологии. Наряду с этим интенсивно употреблялись интерфейсные наработки из MyHomeLib, что значительно ускорило процесс. Вот что оказалось в следствии:

Главные возможности:

  • Каталогизация ссылок (включая не только библиографическую данные, но и файлы статей)
  • Помощь самых ходовых форматов обмена библиографической информацией (RIS, ENW, NBIB)
  • Встроенный просмотр pdf и djvu
  • Интеграция с MS Word
  • Эластичная настройка стилей для перечня цитат
  • Многоуровневая группировка статей
  • Локальный поиск по библиографическим предоставит
  • шанс легко создавать бекапы данных

Дабы это не смотрелось как проделки маркетологов, я применение SciRef при подготовке статьи. Итак, пункт первый: формирование базы цитирований. самая занудная часть, которая больше всего пугает новых пользователей аналогичного софта. Само собой разумеется, эти возможно продолжительно и нудно вводить руками, но к счастью, имеется более несложный способ. на данный момент у подавляющего большинства изданий возможно скачать библиографическое описание статей в одном из вышеупомянутых форматов.

Исходя из этого метод заполнения базы выглядит следующим образом: находим нужную статью на Гугл Scholar, переходим на сайт издания, жмем «Download citation», открываем скачанный .ris файл в SciRef. Повторяем для всех нужных статей. На этом этапе имеет суть создать в SciRef группу, и додавать свежие ссылки в том направлении.

Это весьма облегчает жизнь, в то время, когда количество статей в базе переваливает за сотню. Кроме этого на этом этапе возможно добавить и текст статьи. SciRef может как «пристегивать» локальные файлы, так и скачивать их самостоятельно (в зависимости от наличия и издательства у вас доступа).

Вкладка «Группы»:

Пункт второй: добавление текста и Написание статьи в нее цитат. Тут все  — текст в MS Word, в необходимый момент выделяем ссылку в SciRef, жмем кнопку «Добавить в MS Word». Ссылка вставляется как обычный вордовский объект. Хинт: дабы ссылка в документе смотрелась красиво (это так: [1]), необходимо в самом Word задать стиль ссылок IEEE 2006.

 Позже пишем дальше, вставляем ссылки и без того до конца. При вставке нескольких ссылок подряд, они будут смотреться так [1][2][3], пускай вас это не смущает, исправим это позднее. Преимущество применения стандартных ссылок Word пребывает в том, что он сам позаботится о верном порядке нумерации.

Т.е. в случае если появится необходимость поменять местами несколько абзацев текста, либо добавить ссылку в начале — не требуется волнуется о верной нумерации, все перестроится машинально.

Пункт третий: Добавляем перечень цитирований в документ. Тут также все : на последнюю страницу Word, позже возвращаемся в SciRef. Выбираем необходимый стиль в зависимости от целевого издания, и просто жмем «Insert bibliography».

При необходимости, формат перечня возможно гибко настроить в менеджере стилей. Вот пример перечня для Nano Letters:

(1) Penkov O.V.; Pukha V.E.; Devizenko A.Y.; Kim H.J.; Kim D.E. Nano Lett. 2014, 14, 2536–2540.

Ну и, наконец, Пункт третий: финальная обработка. Перед самой отправкой статьи в редакцию, необходимо преобразовать вордовские объекты-ссылки в текст, заодно объединить последовательности [1][2][3] в более приятное редакторскому глазу [1–3]. Делается это одной командой — «Convert objects to text».

Все готово.

Это не все возможности SciRef, но самые главные. Другое я попытался детально изложить во встроенной справке.

Напоследок, ответственное замечание про «какое количество это стоит». Программа распространяется как shareware с 60-дневным триалом. Но: SciRef совсем бесплатна для пользователей ex-USSR. В случае если у вас в совокупности русская либо украинская локаль- и все.

В случае если нет — напишите мне в ЛС, я отправлю ключик.

Прямая ссылка. (8 mb)

Сейчас, кратко, об остальном.

AFM Vision

Маленькая утилитка для визуализации данных атомно-силовой микроскопии (AFM)/ Главная задача — подготовка 2D и 3D изображений, каковые не стыдно засунуть в статью. Заточена под форматы данных микроскопов Seiko (.iqt) и Park Systems (.txt). Но, кроме этого, поддерживает импорт из gray-scale bmp, что разрешает загрузить каждые эти.

В этом случае необходимо будет лишь указать минимальный и большой уровень высоты. Главная вкладка:

Возможно поменять уровни, мало отфильтровать, взглянуть вертикальное и горизонтальное сечение (профиль) в любом месте. Профили возможно сохранить в текстовом формате либо скопировать в буфер. Вкладка 3D:

Возможно настроить палитру, масштаб, углы поворота (мышкой). Настройки возможно сохранить в виде профиля для повторного применения. Примеры применения: раз и два.

Прямая ссылка

Raman 2D

Сравнительно не так давно стало известно, что крутейший Рамановский спектрометр (LabRam Aramis) может снимать карту распределения, но совсем не может с ней трудиться! Т.е. оно просто сохраняет спектр для каждой точки в отдельный файл. И вместо картины 15?15 мы приобретаем 225 текстовых файлов.

Было нужно безотлагательно изобретать еще один велосипед. Вот что оказалось в итоге:

Трудится  — папку с отечественными данными, задаем маску имени файлов, жмем «Start import», приобретаем карту. Возможно выбрать тип данных — интенсивность линий (интегральную либо пиковую), или соотношение интенсивностей (полезно для графена), выстроить карту смещения линий. Диапазоны настраиваются, так что возможно применять и для других элементов кроме углерода.

Пример применения.

В архиве с программой имеется две папки с примерами данных, для «поиграться». установка и Никакая активация не необходимы,  архив.

Прямая ссылка

X-Ray Calc

самая специфическая программа из представленных. И самая любимая, потому как разрабатывается уже 15 лет (с перерывами). Предназначена для моделирования малоугловой рентгеновской дифракции. Реализован способ рекуррентных соотношений (Barbee T.W.

Opt. Eng. 1986, 25, 899–915).

Простейшее использование — определение толщины однослойных пленок посредством рентгеновской дифракции. Поддерживает модели любой сложности, как периодические, так и апериодические, и их комбинации. Все эти долгие годы интенсивно употребляется в Лаборатории рентгеновской оптики Харьковского политеха.

Разрешает в один момент отрисовывать неограниченное количество экспериментальных кривых и моделей. Главная фишка — эргономичный ручной подбор параметров теоретической модели под экспериментальные эти.

Примеры применения: раз и два.

Условия распространения — те же, что и у SciRef (т.е. безвозмездно) + необходимая ссылка при публикации.

Прямая ссылка

Бесплатный софт (173)


Интересные записи на сайте:

Подобранные по важим запросам, статьи по теме: